RNA Immunoprecipitation (RIP)

RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)

以抗体富集细胞内源 RNA-蛋白复合物,鉴定 RBP 结合的 RNA

RBP 研究
内源 RNA
抗体富集
qPCR 验证

RNA 结合蛋白免疫沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP)是一种用于研究特定 RNA 结合蛋白(RBP)与内源 RNA 分子之间相互作用的实验技术。它利用针对目标 RBP 的特异性抗体富集细胞内与之结合的 RNA,通过分析富集产物揭示 RNA 与蛋白的互作关系。

丰晖生物提供一站式 RIP 检测服务:涵盖 WB 本底检测、细胞培养与转染、交联与免疫沉淀、RNA 提取及 qPCR 检测全流程,原始数据与完整报告同步交付,帮助解析特定 RNA 的调控机制及其所参与的生物学过程。

核心应用场景:

  • RBP 与靶 RNA 互作验证 — 验证特定 RNA 结合蛋白与目标 RNA 的结合
  • RBP 靶标筛选 — 结合测序或 qPCR 鉴定 RBP 结合的 RNA 群
  • RNA 修饰研究 — 结合 m6A 等修饰抗体研究 RNA 修饰与 RBP 的关系
  • 转录后调控机制 — 分析 RBP 对 mRNA 稳定性、剪接与翻译的调控

提示:RIP 在细胞内检测内源 RNA-蛋白互作,反映生理状态,但同样无法区分直接与间接结合;若需确认直接互作,可结合 RNA pull-down 等体外方法验证。

RIP 基于 RNA 与蛋白质之间的特异性相互作用,通过使用针对目标 RBP 的特异性抗体,富集含有与目标蛋白结合的 RNA 分子。

通过分析富集得到的 RNA(常用 qPCR、测序等方法),可以揭示 RNA 与蛋白质的相互作用关系,从而了解特定 RNA 的调控机制或其参与的生物学过程。

图1 RNA 结合蛋白免疫沉淀(RIP)实验原理示意图
🎯

十余年 RBP 研究经验

技术团队深耕 RNA-蛋白互作领域,覆盖方案设计到结果判读

🔬

检测流程完整闭环

从 WB 本底检测、免疫沉淀到 RNA 提取与 qPCR 一站式完成

⚡

抗体级别提前评估

预实验评估抗体是否满足 RIP 级别要求,降低实验风险

📊

引物设计与 qPCR 全套

含 3 对引物的设计、合成与预实验,qPCR 默认每反应 3 个复孔

🧪

结果完整可溯源

提供原始数据与完整实验报告,支持论文发表与申报

1

WB 本底检测

确认目标蛋白在样本中的表达及抗体有效性,为 RIP 提供依据

2

细胞培养与转染

培养细胞并按需转染,保证目标 RBP 的稳定表达

3

交联与破碎

对样本进行交联固定 RNA-蛋白复合物,随后破碎细胞

4

免疫沉淀

加入特异性抗体富集目标 RBP 及其结合的 RNA

5

反交联与 RNA 提取

解交联释放 RNA 并提取纯化,去除蛋白与 DNA 干扰

6

qPCR 检测与报告

设计合成引物进行 qPCR 定量,出具原始数据与完整报告

下表为本项服务的常规工作环节与说明。样品状态、抗体与实验方案确认后,我们会给出明确的时间安排。

服务内容工作说明
WB 本底检测必做,含抗体预实验及正式实验,确认目标蛋白表达
细胞培养及转染培养细胞并按需转染,维持目标 RBP 的表达水平
样本处理交联、破碎、免疫沉淀、反交联与 RNA 提取
qPCR 引物设计与合成含 3 对引物的设计、合成与预实验
qPCR 检测每个反应默认设置 3 个复孔,输出相对富集结果

一次 RIP 的下拉产物通常仅够完成 1 个基因片段的 qPCR 检测;若需检测多个靶 RNA,可在方案设计阶段调整样本量与抗体用量。

交付内容说明
WB 本底检测结果目标 RBP 在样本中的表达情况及抗体有效性记录
原始 qPCR 数据扩增曲线与 Ct 值原始记录,含实验组与阴性对照
引物信息3 对引物的序列、扩增产物信息与预实验结果
完整实验报告实验步骤、抗体与试剂信息、交联与免疫沉淀条件及结果说明

以下为 RIP 检测的典型结果示例。

结果呈现说明:以目标基因片段在实验组与阴性对照(同种属 IgG)中的相对富集倍数反映 RBP 与 RNA 的结合水平,通常由 Ct 值换算富集倍数并进行统计学比较。

1
样本须为新鲜组织或活细胞 — RIP 要求使用新鲜组织或活细胞,一次实验至少需要 150 mg 新鲜组织或 2×10⁷ 个细胞;若无法提供,可联系我们获取预处理方法。
2
抗体级别需满足 RIP 要求 — 部分抗体级别达不到 RIP 实验要求,需要采购对应级别的抗体,并通过阴性 / 阳性实验反馈结果的可信性。
3
对照设置不可省略 — 每次实验均应设置同种属 IgG 阴性对照,用于扣除非特异性结合,反映真实的富集水平。
4
防止 RNA 降解 — 全程使用无核酸酶的试剂与耗材,操作在低温下进行,裂解液中加入 RNA 酶抑制剂。
5
引物需预实验验证 — qPCR 引物应经预实验确认扩增效率与特异性,避免非特异扩增影响定量结果。
6
结果真实性说明 — 丰晖生物承诺检测结果真实、客观、可信,但不确保得到某一预期结果。

送样说明:请提供新鲜组织或活细胞;组织样品液氮速冻后干冰运输,细胞样品请说明培养状态与转染情况,并告知目标 RBP、抗体信息与拟检测的靶 RNA,便于我们评估抗体级别与引物方案。

QRIP 需要提供多少样本?

RIP 要求新鲜组织或活细胞,一次实验至少需要 150 mg 新鲜组织或 2×10⁷ 个细胞;无法提供新鲜样本时可联系我们获取预处理方法。

Q任何抗体都能做 RIP 吗?

不是。部分抗体级别达不到 RIP 的要求,需要使用经验证的 RIP 级别抗体,并通过阴性 / 阳性对照实验确认结果可信性,我们在方案阶段会评估抗体的适用性。

Q一次 RIP 能检测几个基因片段?

一次 RIP 的下拉产物通常仅够完成 1 个基因片段的 qPCR 检测。若需检测多个靶 RNA,可在方案设计阶段调整样本量与抗体用量,我们会评估后给出建议。

QRIP 和 RNA pull-down 有什么不同?

RIP 用抗体富集细胞内源的 RNA-蛋白复合物,反映生理状态下的结合;RNA pull-down 用体外合成的标记 RNA 探针捕获蛋白,适合验证直接结合与筛选未知结合蛋白。两者可互相验证。

Q结果如何判读?

以目标基因片段在实验组相对阴性对照(同种属 IgG)的富集倍数反映结合水平,并结合 Ct 值与统计学检验判读;报告提供原始扩增曲线与 Ct 值供溯源。

Q检测周期多长?

具体周期视样本准备、抗体情况与检测项目而定;方案与样品确认后我们会给出明确的时间安排。

需要 RNA 结合蛋白免疫沉淀(RIP)服务?

告知目标蛋白与抗体信息,我们完成 WB 本底检测、免疫沉淀与 qPCR 检测,交付原始数据与完整报告

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