Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Genotyping

单核苷酸多态性SNP

测序、TaqMan、HRM、SNaPshot 多方案可选,精准完成 SNP 位点分型

SNP 分型
测序法
TaqMan 探针
遗传变异检测

单核苷酸多态性(SNP)指群体基因组特定位置上单个核苷酸(A、T、C、G)的差异,是基因组中最常见的遗传变异形式。与其他分子标记相比,SNP 检测具有分辨率高、覆盖基因组范围大、遗传稳定等特点,广泛用于群体遗传学研究与疾病相关基因研究,并在药物基因组学、诊断学与生物医学中发挥重要作用。

丰晖生物提供一站式 SNP 检测服务:从 DNA 提取与质检、引物(探针)设计与合成、扩增与检测到基因型判读全程标准化操作,可根据研究目的、样本量与预算匹配适宜方法,原始数据与完整实验报告同步交付。

常见检测方法:

  • Sanger 测序法 — 准确度最高,可验证已知位点并发现新位点
  • TaqMan 探针法 — 实时荧光分型,适合已知位点的高通量检测
  • HRM 熔解曲线法 — 无需探针,适合未知位点的大规模初筛
  • SNaPshot 法 — 单碱基延伸,适合多个位点的中通量分型

提示:方法选择主要取决于研究目的、样本数量与预算:发现未知 SNP 优先选择测序法;验证少数已知位点且样本量较少时,可选择 TaqMan 探针法或 SNaPshot 法。

SNP 检测的共同基础是位点特异性扩增 + 基因型判读:先针对目标位点设计引物(必要时配合探针)进行扩增,再通过测序、荧光信号或熔解曲线等不同策略区分该位置的碱基组成。不同方法在通量、成本与适用场景上各有侧重,合理匹配方法可兼顾准确度与效率。

图1 SNP 检测常用方法原理示意图

测序法与 TaqMan 探针法

测序法直接对 PCR 扩增的目标区域进行 Sanger 测序,与参考序列比对后确定 SNP 位点与变异类型,准确度最高,既能验证已知 SNP 也可发现新位点,缺点是通量较低、成本偏高,适合小样本精细研究。

TaqMan 探针法采用双标记水解探针(5′ 端荧光基团 + 3′ 端淬灭基团),探针与靶序列完全匹配时被酶水解并释放荧光信号,通过实时荧光监测完成分型,实时性强、无需开管,适合已知位点的高通量自动化检测,缺点是探针合成成本较高。

HRM 熔解曲线法与 SNaPshot 法

HRM 法利用 DNA 双链构象对序列高度敏感的特性,通过高分辨率熔解曲线捕捉单碱基差异引起的熔解温度变化,从而区分基因型,无需探针或标记物、成本较低,适合大规模样本的未知 SNP 初筛。

SNaPshot 法基于荧光标记的单碱基延伸原理,在 SNP 位点相邻位置设计引物,延伸反应中仅掺入一个荧光标记的 ddNTP 即终止,通过毛细管电泳检测延伸产物的荧光颜色与长度完成分型,适合多个 SNP 位点的中通量检测。

🎯

多方法按需匹配

测序、TaqMan、HRM、SNaPshot 四类方案灵活选择

🔬

引物探针自主设计

针对目标位点设计并优化引物与探针,保证扩增特异性

⚡

方法匹配建议

依据研究目的、样本量与预算给出方案建议

📊

原始数据完整交付

测序峰图 / 荧光曲线与基因型判读结果可溯源

🧪

多类型样本承接

支持组织、细胞、全血等样本的 SNP 分型

1

样本接收与质检

确认样本类型、数量与保存状态

2

基因组 DNA 提取

提取 DNA 并检测浓度与纯度

3

引物 / 探针设计合成

针对目标位点设计并合成引物,必要时合成探针

4

扩增与检测

按所选方法进行 PCR 扩增、荧光检测或测序

5

基因型判读

比对参考序列或分析信号,确定每位点的基因型

6

数据整理与报告

汇总基因型结果并出具完整实验报告

下表为本项服务的常规工作环节与说明。样品状态、数量与所选检测方法确认后,我们会给出明确的时间安排。

服务内容工作说明
样本接收与质检确认样本类型、数量与保存状态
DNA 提取与质检检测 DNA 浓度与纯度
引物 / 探针设计合成针对目标位点设计并优化,必要时合成探针
扩增与基因型检测按 Sanger 测序、TaqMan、HRM 或 SNaPshot 方案执行
数据判读与报告出具基因型判读、结果汇总与图表输出

目标位点、样本量与检测方法确认后,我们会给出明确的时间安排;需要同时检测多个位点时可在方案阶段一并规划。

交付内容说明
原始数据测序峰图、荧光扩增曲线或毛细管电泳图等原始结果
基因型判读结果各样本在目标位点上的基因型(纯合 / 杂合)判定
分型统计各位点基因型分布与等位基因频率的汇总统计
完整实验报告实验步骤、引物 / 探针序列、试剂信息与判读说明

本页结果呈现以测序峰图、荧光扩增曲线或毛细管电泳图为主。

结果呈现说明:不同方法的结果形式不同——测序法提供测序峰图与序列比对结果,TaqMan 与 HRM 法提供荧光扩增曲线或熔解曲线,SNaPshot 法提供毛细管电泳图;报告同时给出各样本的基因型判读结果。

选择哪种 SNP 检测方法,主要取决于研究目的、样本数量与预算:

1
发现未知 SNP — 首选直接测序法,可在验证已知位点的同时发现新位点并明确变异类型。
2
验证已知位点 — 验证少数几个已知 SNP 且样本量较少时,可选择 TaqMan 探针法或 SNaPshot 法。
3
大样本初筛 — 针对大量样本的未知位点初筛,可考虑成本较低、无需探针的 HRM 法。
4
组织样本 — 取约 1 cm×1 cm×1 cm 组织,冰上取材,用生理盐水洗净血渍与污物并剔除无关组织,液氮速冻后转入 −80 ℃ 冰箱保存,干冰运输。
5
细胞样本 — 用细胞刮刀刮下或胰酶消化后离心收集细胞团,要求约 1×10⁷ 个,液氮速冻后转入 −80 ℃ 保存,干冰运输。
6
全血样本 — 用 EDTA 抗凝管采集全血约 1 mL,上下颠倒混匀,1 h 内完成白细胞提取,要求约 1×10⁷ 个,液氮速冻后转入 −80 ℃ 保存,干冰运输。

结果说明:检测结果真实、客观、可信,但检测本身不确保得到某一预期结果;报告会如实呈现每位点的基因型判读情况。

QSNP 检测有哪几种方法,怎么选?

常见方法包括 Sanger 测序、TaqMan 探针、HRM 熔解曲线与 SNaPshot 单碱基延伸。发现未知 SNP 首选测序法;验证已知位点且样本量较少可选 TaqMan 或 SNaPshot;大样本未知位点初筛可选成本较低的 HRM 法。

Q测序法的优势和不足是什么?

测序法直接对扩增产物进行 Sanger 测序,准确度最高,既能验证已知 SNP,也能发现新位点并明确变异类型与位置;不足是通量较低、成本偏高,更适合小样本的精细研究。

QTaqMan 探针法适合什么场景?

TaqMan 探针法采用双标记水解探针,探针与靶序列完全匹配时被酶水解释放荧光,通过实时荧光监测完成分型,实时性强、无需开管操作,适合已知位点的高通量自动化检测;其不足是探针合成成本较高,且仅适用于已知位点。

QHRM 法为什么不需要探针?

HRM 利用双链 DNA 溶解温度(Tm)对序列高度敏感的特性,单个碱基差异即可引起 Tm 变化,通过高分辨率熔解曲线捕捉这一差异即可区分基因型,因此无需探针或标记物。

Q需要提供多少样本?

组织样本建议约 1 cm×1 cm×1 cm,细胞与全血样本建议提供约 1×10⁷ 个细胞;样本量充足时复孔与多方法验证更灵活。样本量有限时请提前沟通。

Q检测需要多长时间?

具体周期需结合样本数量、位点数量与所选检测方法评估;方案确认后我们会给出明确的时间安排。

需要 SNP 检测服务?

告知目标位点、样本量与预算,技术团队匹配测序、TaqMan、HRM 或 SNaPshot 方案,交付原始数据与基因型判读报告

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