研究转录因子与下游基因启动子结合的情况，可以通过双荧光素酶实验等方法验证。但是在实验之前，需要对转录因子和启动子的结合位点进行预测。本篇文章将介绍如何通过JASPER网站对转录因子与启动子结合位点进行预测，希望对有需要的朋友有所帮助。
JASPAR（Java Architecture for Scanner and Profile of Regulatory Regions）数据库包含多个子库，其中最常用的是JASPAR CORE数据库，该数据库收录了包括脊椎动物、线虫、昆虫、真菌和植物等多种物种的高质量的转录因子信息。
一、获取启动子序列
启动子通常定义为转录起始位点（TSS）上游 2000 bp 的区域（范围可调整）
以 NCBI Gene 数据库为例获取序列：
1、访问 NCBI Gene ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/ )，输入目标基因名并在结果页选择对应的物种（如 Homo sapiens）。
2、在基因页面确认转录方向（箭头“→”表示正向，“←”表示反向）并记录 TSS 位置（如 chr1:150,000,000）。
3、提取启动子序列：点击 FASTA 进入序列页面，修改坐标（正向基因起始位点 = TSS - 2004，反向基因起始位点 = TSS + 2004），最后复制生成的 FASTA 格式序列（含 >基因名的标题行）。
二、JASPAR 中检索目标转录因子
1、进入 JASPAR ( https://jaspar.genereg.net/ )，选择数据库与物种，推荐使用 JASPAR CORE 子库（高质量实验验证数据），在 Taxonomic group 中选择物种（如 Vertebrata → Homo sapiens）。
2、搜索转录因子：在搜索框输入 TF 名称（如 TFAP2A），点击 Search 后在结果界面勾选所有相关条目（同一 TF 可能有多个结合谱）。
三、启动子扫描与结合位点预测
1、启动扫描功能：勾选目标 TF 条目后点击右侧 Scan 选项卡，输入启动子序列（序列需要以 FASTA 格式粘贴），调整 Relative profile score threshold（默认 80%，建议 ≥85% 以提高准确性），最后点击 Scan 进行预测。
四、结果解读
输出表格包含以下关键列：
注意：若结果过多，可逐步提高阈值（如 90%）筛选高置信位点。
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